清洗流程主要包括：

保證溶液混合均勻：在開始清洗之前，需要確保溶液被混合均勻，并且把溫度和PH值調到所需要的值。

低流量輸入清洗液：首先用清洗水泵混合一遍清洗液，預熱清洗液時應以低流量進行。然后以盡可能低的清洗液壓力置換元件內的原水，其壓力僅需達到足以補充進水至濃水的壓力損失即可，即壓力必須低到不會產生明顯的滲透產水。低壓置換操作能夠最大限度的減低污垢再次沉淀到膜表面，視情況而定，排放部分濃水以防止清洗液稀釋。

循環：當原水被置換掉后，讓清洗液在濃水管路中循環回清洗水箱，并保證清洗液溫度恒定。

浸泡：停止清洗泵的運行，讓膜元件浸泡在清洗液中。有時元件浸泡1小時就足夠了，但對于頑固的污染物，需要延長浸泡時間，如浸泡10～15小時或浸泡過夜。為了維持浸泡過程的溫度，可采用很低的循環流量。

高流量水泵循環：高流量能沖洗掉被清洗液洗下來的污染物。